Tokat şehir merkezinde bulunmaktadır. Diğer adı Çukur Medresedir.
İsmail Hakkının uzun çalışmaları tarafından yayınlanan ve giriş kapısı üzerinde olduğu ifade edilen kitabede Yağıbasan adı ve 645 H. 1247 M. Tarihi geçmektedir.
Ancak Danişmentli meliki Nizamettin Yağıbasan 1164 yılında ölmüştür. Buna göre kitabedeki tarih Yağıbasan için oldukça geçtir.
Albert Gabriel Hakkâk ‟ın 546 H. 1151 M. Yılını 645 şeklinde ters yazmış olduğunu ya da 545 yerine hata ile 645 yazdığını belirtir.
Medrese mimarisi ve Niksar Yağıbasan medresesi ile benzerliğinden dolayı 13. yy da yapılmış olamaz.
Nizamettin Yağıbasan 1142-64 tarafından 12 yy ortalarında Niksar Yağıbasan medresesinden birkaç yıl sonra yaptırmış olmalıdır.
Plan olarak Niksar‟da ki medrese ile benzer özellikler sergilemektedir. İki eyvanlı, tek katlı ve kapalı avlulu olan medrese Anadolu’daki ilk olması bakımından önemlidir. Daha sonra Niksar’daki medrese gelmektedir. Selçukluların kapalı avlulu medreseleri genellikle Konya’da toplanmıştır. Anadolu dışındaki ilk kapalı avlulu medrese ise Gümüştekin Medresesidir.
Üst örtüde tuğla diğer bölümlerde ise moloz taş kullanılmıştır.
Süslemesi yoktur.
Kubbesi 14 m çapında ortasında 8m açıklık bulunmaktadır. Kubbeye geçiş dilimli tromplarla sağlanmıştır
