Kars, Ani Şehir harabeleri içinde, Ani’nin yaklaşık orta kısmında, Arpa Çay’a bakan yamacın kenarında yer almaktadır.
1064 yılında Ani’yi fetheden Alparslan, şehrin idaresini Şeddatlı Emiri Ebu’l Esvar’ın oğlu Menuçehr’e bırakmış, Manuçehr de şehri imar etmiştir. Manuçehr’in ilk yaptırdığı yapılardan birinin Manuçehr minaresi olduğu ve Gazneliler’in zafer kuleleri gibi tek başına bir anıt olarak yaptırıldığı düşünülmektedir. Araştırmacılar yapıyı, N. Khanikof tarafından 1847 yılında tespit edilen, şimdi yıkılmış durumdaki batı cephede yer aldığı belirtilen, çiçekli kufi hatla yazılmış kitabeye göre 1086 yılına, Manuçehr dönemine tarihlendirmişlerdir.
Batı cephede iki kitabe daha tespit edilmiştir. Biri M. Brosset, W. Barthold ve N. Khanikof tarafından okunmuştur ve Ebu Said Bahadır Han’ın halktan alınan yasal olmayan vergileri sınırlandırmasıyla ilgili olduğu belirtilmiştir. Diğer kitabe ise eksik olduğundan mahiyeti tam anlaşılamamıştır.
Genelde Büyük Selçuklu’nun tuğla malzeme kullandığını düşünürsek Anadolu topraklarına girdiğinde yapıyı bölgede karşılaştığı kırmızı ve siyah renkli düzgün tüf taşlarıyla inşaa etmiştir. Yapının doğu kısmı, yamaç eğiminden dolayı fevkanidir. Harim kısmı mihrap duvarına dik uzanan, ortadaki daha geniş üç sahına ayrılmıştır.
Caminin batı cephesinin tamamı, güney cephesinin ise batı bölümü yıkılmış durumdadır. Yapının doğu cephesinde dört, kuzey cephesinin doğu kısmında bir adet olmak üzere yarım daire kemerli toplam beş büyük penceresi bulunmaktadır. Doğu cephedeki pencerelerin üstlerine, havalandırma işlevi gören dikdörtgen biçimli birer küçük açıklık yerleştirilmiştir. Ayrıca bu cephede bodrum katındaki mekânlara açılan farklı boyutlarda, dikdörtgen biçimli dört pencere daha yer almaktadır.
Yapının kuzeybatı köşesinde minare bulunmaktadır. Kare bir kaide üzerine oturan minare sekiz cephelidir ve şerefesine kadar olan kısmı mevcuttur. Güneyinde yer alan yarım daire kemerli kapısı caminin batı sahnına açılmaktadır. Minarenin camiye bağlanış biçimi ve caminin 12. birimi içinde yer alması sebebiyle, camiden önce yapılmış olduğu, kuzey taraftaki çarpıklığın da buna bağlı geliştiği düşünülmektedir.
Harime girişi sağlayan kapı, batı cephenin kuzeyine yerleştirilmiştir, ancak günümüze eşiği ulaşabilmiştir.
Harim kısmı, yüksek kaide ve başlıklara sahip silindirik gövdeli sütunlar ve bunları bağlayan yarım daire kemerlerle farklı boyutlarda birimlere ayrılmış, bu birimlerden batıdakiler büyük oranda yıkılmıştır. Mevcut birimlerin üzeri, kırmızı ve siyah taşlarla oluşturulmuş geometrik bezemelere sahip farklı biçimdeki yıldız ve aynalı tonozlarla örtülmüştür. Orta sahında, kuzeyden ikinci tonozun üzerinde bir aydınlık açıklığı bulunmaktadır.
Orta sahnın güneyinde yer alan mihrap tamamen yıkılmıştır. Bu nedenle özellikleri hakkında bir şey söylemek mümkün değildir.
Caminin doğu kısmında, hem üstteki zeminin kaymasını önlemek hem de yapının oturtulacağı alanı tesviye etmek amacıyla fevkani yapılan kısma, üzeri beşik tonoz ile örtülü dört mekân yerleştirilmiştir. Aydınlığın altında yer alan açıklıktan merdivenle inilen mekânlar eyvan biçimindedir.
Büyük Selçuklunun Anadolu’daki yapıları arasında Diyarbakır, Siirt ve Bitlis Ulu camileri de yer almaktadır.
